De behandeling van joodse gevangenen was zeer slecht. Mishandeling was aan de orde van de dag. Joodse gevangenen stonden bloot aan de - vaak persoonlijke - willekeur van de SS. Het juiste aantal joodse gevangenen dat in Kamp Amersfoort tot de eerste sluiting in 1943 verbleef is onbekend. Van de 8.522 in deze periode geregistreerde gevangenen stonden er circa 850 als 'Jood' ingeschreven. Het werkelijke aantal ligt hoger. Na hun verblijf in Kamp Amersfoort volgde deportatie, vaak via Kamp Westerbork.